Hatay Kaymakam adaylığı, Yeşilova, Ulukışla Kaymakam Vekillikleri, Sulakyurt, Gürgentepe Kaymakamlıkları, Bitlis ve Şanlıurfa Vali Yardımcılıkları; Alaçam, Yatağan Kaymakamlıkları ve Aydın Vali Yardımcılığı; Urla Kaymakamlığı yapmıştır. 23 Mayıs 2014 tarihinde Resmi Gazete'de yayımlanan valiler kararnamesi ile Kastamonu valiliğine atanmıştır. 2016 yılına kadar Kastamonu'da görev yapan Günaydın, 30 Mayıs 2016 tarihli kararname ile Isparta valisi olmuştur.